基于PPI網絡預測和驗證結直腸癌相關Hub基因
范馨月; 邵春瑩; 崔雷 中國醫科大學附屬盛京醫院; 遼寧沈陽110001; 中國醫科大學醫學信息學院; 遼寧沈陽110122
- ppi網絡
- 網絡分析
- 富集分析
- 功能模塊
摘要：目的:通過PPI網絡分析確定CRC相關Hub基因,為CRC靶向治療提供一定參考。方法:從OpenTargets數據庫獲得CRC相關基因,使用Metascape對基因集進行富集分析,確定基因集富集術語。采用STRING數據庫及CytoScape構建PPI網絡,采用MCODE尋找PPI網絡中的功能模塊(子網)。根據功能模塊中節點的網絡屬性確定Hub基因,通過文獻法和GEPIA數據庫對Hub基因進行驗證。結果:共得到CXCL8、ERBB2、CYCS 3個Hub基因,它們均與CRC的發生和發展有一定關系,。它們均在CRC組織與正常組織中存在差異表達,并與CRC患者的總體生存時間相關。結論:基于PPI的網絡分析可準確預測CRC相關Hub基因和為CRC靶向治療提供參考。
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