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頭頸部鱗癌轉錄因子調控網絡及潛在靶點研究

張智穎; 潘宗富 杭州市江干區人民醫院藥劑科; 杭州310016; 浙江省腫瘤醫院; 浙江省頭頸腫瘤轉化醫學研究重點實驗室
  • 頭頸部鱗癌
  • 生物信息學
  • 差異基因
  • 轉錄因子

摘要:目的:研究頭頸部鱗癌(HNSCC)的轉錄因子調控網絡及潛在關鍵靶點。方法:利用基因表達綜合數據庫(GEO)聯合GEO2R在線工具分析HNSCC與正常黏膜組織的基因表達差異;利用Clue GO進行差異基因功能注釋及通路相互作用網絡構建;基于相互作用基因/蛋白檢索工具(STRING)數據庫及Cytoscape軟件構建蛋白-蛋白相互作用(PPI)網絡,分析其關鍵網絡節點和基因簇,并利用iRegulon插件進行轉錄因子調控網絡構建并篩選關鍵轉錄因子;利用Kaplan-Meier Plotter分析關鍵轉錄因子與HNSCC患者預后相關性。結果:和正常黏膜組織相比,HNSCC組織共有168個基因(66個上調,102個下調)發生顯著變化。這些差異基因與細胞外基質分解、胞外基質重塑、IL-17信號通路、膠原代謝過程、胞外基質-受體相互作用、細胞基質黏附的調控以及平滑肌細胞遷移調控等重要信號相關。蛋白-蛋白相互作用網絡分析共篩選出兩個關鍵基因簇。其中degree值排名前五網絡節點MMP9,COL1A1,COL3A1,COL1A2,SPP1均聚集于基因簇2,且與胞外基質重塑或胞外基質-受體相互作用有關,但在HNSCC中的作用研究甚少。進一步針對上調及下調差異基因的轉錄因子調控網絡分析共篩選出14個轉錄因子,其中僅有4個轉錄因子在HNSCC研究中有報道。Kaplan-Meier Plotter分析顯示6個轉錄因子與HNSCC患者預后顯著相關,另外4個轉錄因子與預后的相關性與患者性別相關。結論:本研究綜合多種生物信息學手段揭示HNSCC發生發展的潛在轉錄因子調控網絡,挖掘該網絡中的關鍵基因簇及節點,并預測其與患者預后相關性,為HNSCC的發病機制及潛在治療靶點發現提供理論依據。

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