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苦蕎GIS基因家族生物信息學(xué)分析

時(shí)小東; 吳琪; 向達(dá)兵; 萬(wàn)燕; 趙鋼 成都大學(xué)農(nóng)業(yè)部雜糧加工重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 四川成都610106; 成都大學(xué)藥學(xué)與生物工程學(xué)院; 四川成都610106
  • 苦蕎
  • gis
  • 基因家族
  • 基因結(jié)構(gòu)

摘要:[目的]對(duì)苦蕎GIS基因家族進(jìn)行系統(tǒng)分析,為該基因家族的進(jìn)一步功能研究奠定了基礎(chǔ)。[方法]本研究利用苦蕎全基因組數(shù)據(jù),運(yùn)用BLAST對(duì)比,結(jié)合SMART和Pfam分析,對(duì)苦蕎GIS基因家族進(jìn)行分析。[結(jié)果]從苦蕎全基因組數(shù)據(jù)中,共挖掘得到了10個(gè)GIS家族基因FtZFP1~FtZFP10;編碼氨基酸數(shù)目為115~270個(gè),等電點(diǎn)為5.77~9.22,整體表現(xiàn)為疏水性不穩(wěn)定蛋白;二級(jí)結(jié)構(gòu)元件以無(wú)規(guī)則卷曲為主。10個(gè)FtZFP均含有一個(gè)保守的C2H2鋅指結(jié)構(gòu),多位于肽鏈的N端,在數(shù)量和分布上均具有一致性;除FtZFP1和FtZFP4外,均含有植物特有的QALGGH結(jié)構(gòu)。在鹽脅迫下,FtZFP8表現(xiàn)為上調(diào)表達(dá);在鋁脅迫,FtZFP7表現(xiàn)為上調(diào)表達(dá)。[結(jié)論]本研究通過(guò)苦蕎全基因組數(shù)據(jù)分析,挖掘得到10個(gè)GIS基因家族成員,系統(tǒng)分析了其染色體定位和基因結(jié)構(gòu)、蛋白保守區(qū)域和系統(tǒng)進(jìn)化,以及逆境下表達(dá)情況,為進(jìn)一步揭示苦蕎C2H2鋅指蛋白基因在表皮毛發(fā)育調(diào)控中功能以及苦蕎高海拔耐逆性奠定了理論基礎(chǔ)。

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