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人類1號染色體DNA序列8-mer的相對模體數分布及8-mer使用的進化分離

周德良 李宏 楊小希 內蒙古大學物理科學與技術學院 理論生物學研究室 呼和浩特010021
  • 人類dna序列
  • 三峰分布
  • cg二核苷酸
  • dna序列進化

摘要:以人類1號染色體DNA序列為樣本,分別計算了CDS、5'UTR、3'UTR、內含子和基因間五類序列中8-mer出現的頻數,并得到8-mer相對模體數隨頻數的分布。發現內含子和基因間序列是明顯的三峰分布,CDS是單峰分布,5'UTR和3'UTR是近似單峰分布。為了揭示這些分布出現差異的原因,將8-mer集合按照8-mer中包含兩個或兩個以上某二核苷酸(XY2)、包含一個某二核苷酸(XY1)和包含0個某二核苷酸(XY0)進行分類。發現16種分類中,只有CGj分類的三個子集分別形成獨立的單峰分布。表明DNA序列是由三類CGj子集組成的,它們出現的頻數是獨立進化的結果;實際的8-mer頻數分布是這三個CGj頻數分布的疊加;由于這三個分布的距離不同,才造成了五類序列中8-mer分布的差異。對五類序列CGj三個子集中二核苷酸和三核苷酸出現的相對頻數進行分析,發現CG2模體的相對頻數在五類序列中基本相同,CG1模體的相對頻數可將五類序列明顯區分,CG0模體的相對頻數可將編碼序列和非編碼序列明顯區分。總之,CGj模體集合在DNA序列的組成上具有特定的規律性,在DNA序列進化上扮演了重要的角色。

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生物物理學報

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主管單位:中國科學技術協會;主辦單位:中國生物物理學會;中國科學院生物物理研究所

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