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縊蟶新品種“申浙1號(hào)”ScHsc70基因SNPs篩查與耐高溫性狀的關(guān)聯(lián)性分析

薛寶寶; 孟德龍; 任泓妤; 申奔龍; 牛東紅; 李家樂(lè); 沈和定 上海海洋大學(xué)省部共建水產(chǎn)種質(zhì)資源發(fā)掘與利用教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 水產(chǎn)科學(xué)國(guó)家級(jí)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心; 水產(chǎn)動(dòng)物遺傳育種中心上海市協(xié)同創(chuàng)新中心; 上海201306
  • 縊蟶
  • hsp70基因
  • 單核苷酸多態(tài)性
  • 耐高溫
  • 連鎖不平衡

摘要:為獲取縊蟶ScHsc70基因單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)與耐高溫性狀的相關(guān)性,通過(guò)直接測(cè)序方法克隆了ScHsc70基因全長(zhǎng)序列,長(zhǎng)度為4048 bp,包括6個(gè)內(nèi)含子和7個(gè)外顯子,編碼區(qū)1950 bp,從其外顯子區(qū)域篩查到6個(gè)潛在的SNPs,分別命名為Rs1(g.588 C>T)、Rs2(g.840 C>T)、Rs3(g.885 T>A)、Rs4(g.1233 A>G)、Rs5(g.1467 T>G)、Rs6(g.1482 T>C)。利用Sanger測(cè)序方法,對(duì)縊蟶新品種“申浙1號(hào)”耐高溫群體和對(duì)照組群體潛在SNPs進(jìn)行基因分型,遺傳多樣性分析結(jié)果顯示,兩個(gè)群體的多態(tài)信息含量(PIC)值在0.1112~0.3718之間,對(duì)照組群體的平均多態(tài)信息含量(0.2670)高于耐高溫群體的平均多態(tài)信息含量(0.2365)。ScHSc70基因SNPs與耐熱性狀關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示,Rs1、Rs3和Rs4的基因型頻率和等位基因頻率在對(duì)照組和耐高溫群體之間存在顯著性差異;單倍型連鎖不平衡分析結(jié)果顯示,ScHsc70基因SNPs可形成2個(gè)單倍體塊,7種單倍型,其中CCT單倍型與耐高溫性狀顯著相關(guān);本實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn),Rs2和Rs3處于連鎖狀態(tài)(r2=0.86,LOD=25.56,Dx=1.0),可以作為縊蟶與耐高溫遺傳育種的SNP標(biāo)簽。綜上所述,Rs1、Rs3、Rs4和單倍型CCT均可作為縊蟶耐高溫遺傳育種的候選輔助分子標(biāo)記,為后續(xù)的抗逆性相關(guān)SNPs篩選與功能驗(yàn)證奠定了理論基礎(chǔ)。

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