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病毒性肝炎肝硬化發(fā)病關(guān)鍵基因及相互作用的生物信息學(xué)研究

張莉; 翟蕙; 陳家盛; 徐葵花; 劉傳苗 蚌埠醫(yī)學(xué)院第一附屬醫(yī)院感染性疾病科; 安徽蚌埠233000
  • 病毒性肝炎
  • 肝硬化
  • 基因芯片
  • 生物信息

摘要:目的篩選病毒性肝炎肝硬化發(fā)生發(fā)展中的關(guān)鍵基因,分析其相互之間的作用。方法本研究從公共基因芯片數(shù)據(jù)庫(kù)(GEO)下載病毒性肝炎肝硬化相關(guān)芯片數(shù)據(jù),利用R語(yǔ)言中相關(guān)軟件篩選出表達(dá)差異基因,分別對(duì)差異基因進(jìn)行Gene Ontology功能分析、KEGG代謝通路分析以及蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)分析。結(jié)果本研究從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選出2組基因芯片進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)共同差異基因307個(gè),其中上調(diào)基因62個(gè)、下調(diào)基因245個(gè)。富集分析表明差異基因在信號(hào)傳導(dǎo)、免疫反應(yīng)等方面與肝硬化的發(fā)生發(fā)展有關(guān),通過(guò)粘著斑通路、細(xì)胞黏附分子通路有關(guān)影響其進(jìn)程;并篩選得到HLA-DMA、MYL9、COL3A1、C1QA等28個(gè)與肝硬化發(fā)病關(guān)系密切的基因、構(gòu)建了相應(yīng)的蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)。結(jié)論利用生物信息學(xué)方法能有效的分析基因芯片數(shù)據(jù)、篩選出目標(biāo)基因,為病毒性肝炎肝硬化的防治、診斷和治療等提供新的思路和相關(guān)靶點(diǎn)。

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齊齊哈爾醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào)

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  • 教育 快捷分類
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主管單位:黑龍江教育廳;主辦單位:齊齊哈爾醫(yī)學(xué)院

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