摘要：采用RAD-seq(Restriction-site associated DNA sequencing)對印尼虎魚(Datnioides pulcher)進行簡化基因組測序,獲得13308 806個高質量干凈讀長(HQ clean reads),利用SSR搜索軟件在所得序列中共檢測到26359個SSR位點,由496種重復基序組成,主要分布在三、四、五堿基重復類型中,單堿基重復序列中最多的類型為A/T,二堿基重復序列中以AC/GT和AG/GT重復單元為主,三堿基重復序列中以AGG/CCT、AGC/CTG、AGG/CCT為優勢類型;在數量上,二堿基重復類型SSR位點最多(19492個),占總SSR位點的73.95%;除了單核苷酸類型外,SSR基序的重復次數主要集中在4-9之間,多態性SSR數目為2 783個。根據SSR位點兩翼序列,利用Primer5.0成功設計出20 066對SSR引物,引物設計成功率為76.13%,依據測序數據中的重復類型和重復數,隨機選擇100個二至五堿基重復類型SSR在6個虎魚樣本中驗證其可用性和多態性,有73對引物通過擴增可獲得有效目的片段,其中20個SSR驗證為具有多態性。開發所得SSR序列可用于印尼虎魚及其近緣物種遺傳分析、遺傳圖譜構建以及分子標記輔助育種等工作,同時也證實了利用簡化基因組測序技術開發SSR標記和發現樣品間具有多態性的SSR標記的可能性。