第二軍醫大學出版社由第二軍醫大學主辦，出版發行本校設置的學科、專業課程所需教材及教學參考書、教學工具書；與本校主要專業方向一致的學術專著、譯著；以及醫學科普讀物等相關實用性圖書。

第二軍醫大學出版社面對愈加激烈的競爭形勢，本社將進一步面向市場，優化選題，突出重點和特色，樹立品牌。同時，注重提高隊伍的整體素質和各個部門的協作精神，加強管理，提高效率。全體員工齊心協力，打造積極、務實、高效的企業文化，為振興醫學教育和整個出版事業不懈努力。

已出版圖書500余種，有多部學術著作獲獎，如《肝膽病理學》、《實用外科重癥監護與治療》、《神經肽基礎與臨床》分別獲第二、三、四屆“中國人民解放軍圖書獎”，多本圖書獲第四、五屆華東地區大學出版社優秀教材學術專著一等獎和二等獎。《護理心理學》等獲全國高校優秀暢銷書獎。本社為醫學編輯碩士研究生培養點，擁有一支思想解放、業務精湛的編輯、出版、發行隊伍。另外，還編輯出版《第二軍醫大學學報》（中文版）、《軍醫大學學報》（英文版）等優秀學術性刊物，書刊互動，優化了出版資源。面對愈加激烈的競爭形勢，本社將進一步面向市場，優化選題，突出重點和特色，樹立品牌。同時，注重提高隊伍的整體素質和各個部門的協作精神，加強管理，提高效率。全體員工齊心協力，打造積極、務實、高效的企業文化，為振興醫學教育和整個出版事業不懈努力。

1998年《肝膽病理學》獲第二屆中國人民解放軍圖書獎

2000年《護理心理學》獲第四屆全國高校出版社優秀暢銷書獎

2000年《護士英語必讀》獲第四屆全國高校出版社優秀暢銷書提名獎

2000年《實用外科重癥監護與治療》獲第三屆中國人民解放軍圖書獎

2002年《脊柱側凸三維矯形理論與技術》獲第五屆全國高校出版社優秀暢銷書一等獎

2002年《走進小兒智能》獲第五屆全國高校出版社優秀暢銷書二等獎

2002年《神經肽基礎與臨床》獲第四屆中國人民解放軍圖書獎

2003年《中國內科年鑒（2001）》獲上海市第一屆年鑒優秀成果三等獎

2003年《中國兒童素質早教工程》獲冰心兒童圖書獎二等獎

2004年《百名專家談百病》獲2004年度全國優秀暢銷書獎（科技類）

2004年《心臟能量學—代謝與治療》獲上海圖書獎二等獎

2005年《中國內科年鑒（2004）》獲第三屆中國年鑒綜合評比獎二等獎

2006年《人體系統解剖學實物圖譜》獲第七屆全國高校出版社優秀暢銷書一等獎

2007年《殘缺肢體的修復重建》獲第六屆“中國人民解放軍圖書獎”提名獎

2009年《氣管和支氣管外科學》獲中國出版工作者協會引進版科技類優秀圖書獎

2009年《新編皮膚軟組織擴張術》獲中國大學出版社圖書獎首屆優秀學術著作二等獎

2010年《氣管和支氣管外科學》獲上海市出版工作者協會上海圖書獎提名獎

2010年《危險穴位臨床解剖學》獲上海市出版工作者協會上海圖書獎一等獎

2010年《肝移植》獲中國出版工作者協會引進版科技類優秀圖書獎

2010年《中國腔道泌尿外科手術視頻圖譜》獲第六屆華東書籍雙年展整體設計二等獎

2010年《危險穴位臨床解剖學》獲第七屆“中國人民解放軍圖書獎”提名獎